
Se encuentra sobre plegamientos calizos cársticos del Cretácico, que forman una meseta hacia el noroeste y una sucesión de serranías descendentes hacia las cuencas de los ríos Jataté , Lacantún , Usumacinta y Tulijá. En la Meseta Lacandona existen complejos de lagos dolínicos , resumideros, multitud de cuevas y galerías subterráneas.
El clima dominante es húmedo, con lluvias todo el año, la temperatura varía por el gradiente altitudinal , que va de los 120 a los 1 700 msnm , entre clima cálido, semicálido y templado. Existen siete tipos de vegetación: selva perennifolia, selva suberennifolia , sabanas, bosque mesófilo de montaña, selva de galería, jimbales y bosque de pino-encino.
La reserva presenta el límite de distribución boreal para una numerosa biota procedente de los refugios pleistocénicos de Polochic en Guatemala y Chiriquí en Panamá. Se presentan elementos relevantes como la planta Lacandonia schismatica , o bien constituye el último relicto para especies vulnerables como la guacamaya roja.
Es el área de mayor biodiversidad para el neotrópico mexicano; representa el 0.16% de la superficie del territorio nacional y cuenta con el 20% de la diversidad de plantas en el país, representado con 4 300 especies aproximadamente; el 25% de las aves, contando con 345 especies y el 27% de los mamíferos con 114 especies. En los invertebrados, solamente para el caso de las mariposas, sus 800 especies diurnas representan el 44% del total de México.
RELEVANCIA
Constituye la mayor extensión de selva perennifolia del país, su conservación es vital para mantener nuestra biodiversidad y sus servicios ambientales.
La flora de la región aún depara nuevas formás para la ciencia; se han encontrado nuevas especies de las familias Eritroxilácea, Simarubacea y el subórden de Lacandonia schismatica . Entre otras especies también destacan las caobas, cedros, ceibas y amates milenarios, que llegan a alcanzar hasta 60 m de altura.

Es una de las regiones que aún conserva las poblaciones más grandes del mono araña ( Ateles geoffroyi ), del mono aullador ( Alouatta pigra ), del jabalí de labios blancos ( Tayassu pecari ) y del tapir ( Tapirus bairdi)
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